Po kontrole transportních podmínek se vak s pupečníkovou krví označí pořadovým identifikačním číslem, čárovým a numerickým kódem a zaeviduje se do databáze. Vážením se zjistí čistý objem odebrané pupečníkové krve a stanoví se počet jaderných buněk a jejich životnost.
Proces zpracování pupečníkové krve na transplantát probíhá ve sterilním prostoru laminárního boxu. Laminární box je laboratorní zařízení, kde dochází k filtraci vzduchu, a tím je zajištěna možnost pracovat ve sterilním prostředí bez přítomnosti mikroorganismů, které by mohly kmenové buňky kontaminovat.
V průběhu celého procesu se všechny údaje pečlivě zaznamenávají do protokolu a do databáze.
Následně se připraví kryokonzervační roztok obsahující kryoprotektivum (Dimetylsulfoxid, DMSO), který při zmrazování zabraňuje tvoření krystalků vody ve vaku. Tím se zabrání jeho protrhnutí.
Kryokonzervační roztok se v malých dávkách, za stálého chlazení a intenzivního přimíchávání, přidává k pupečníkové krvi. Po přidání zmrazovací směsi ke kmenovým buňkám pupečníkové krve se odeberou vzorky, u kterých se provádí další vyšetření. Přemostěním odběrového vaku se zmrazovacím vakem tzv. kryovakem (speciální vak, který velice dobře snáší nízké teploty) se umožní transport pupečníkové krve do druhého vaku. Štěp a vzorky jsou takto připraveny na vlastní proces kryokonzervace.
